Khénifra est la dérivation du verbe berbère « khanfar » qui signifie « agresser », en raison d’un fait historique. À un moment donné la ville a été prise de force à la tribu des Ait Bouhaddou (sous-tribu Zayane). Pour manifester leur hégémonie sur la ville, les Zayanis firent de Khénifra une zone de contrôle pour les non Zayanis. Ils établirent un système «douanier» pour les transitaires, qui furent obligés de payer une taxe. Selon une autre version anecdotique, l’étymologie proviendrait de l’histoire d’un homme fort qui agressait les passants.

Akhanfer veut dire « catch ». C’est un jeu très répandu au Moyen Atlas. Le toponyme désigne le lieu où se déroule le jeu. Khénifra tire également son nom de sa géomorpholgie en raison de son enclavement entre 4 montagnes : « Al Hafra ». De la coloration rougeâtre de sa terre, un autre nom lui est attibué, Khnifra AlHamra : « Khénifra la Rouge ».